Forntida Japan fanns det speciella tempel där de förberedde krig som ninja. Du i spelet Ninja Runs 3d går till en av dem och hjälper en ninja att genomgå olika typer av träning. Idag måste din hjälte springa längs en speciellt konstruerad hinderbana tillsammans med andra ninjor och komma till mållinjen först. Du kommer att hantera hans handlingar. Du måste hoppa över många hinder, klättra i olika hinder och utföra många fler åtgärder som hjälper din ninja att vinna tävlingen.
