Den modiga ninjaen fick en order från befälhavaren om sin order att gå till statsgränsen och söka efter situationen nära en av städerna. Enligt rykten fanns det monster. Du i Ninja-spelet måste hjälpa din karaktär att göra denna intelligens. Din hjälte kommer att tävla längs vägen längs en viss väg. Ofta kommer hinder, markfel och olika typer av fällor att komma över hans väg. När din karaktär närmar sig dem måste du klicka på skärmen med musen. Då hoppar din hjälte och flyger över dessa farliga områden. Du kommer också att behöva samla olika ädelstenar utspridda överallt.
