I en avlägsen framtid har forskare lärt sig att reducera föremål till mikroskopiska storlekar. I spelet Spore Hunter beslutade de i dag att skicka piloten på ett speciellt flygplan för att utforska mikrovärlden. Din hjälte måste flyga längs en viss väg och utforska denna värld. Varelser bestående av sporer kommer att attackera vår hjälte. De angivna siffrorna kommer att synas i dem. De betyder hur många träffar du behöver göra för varelsen för att förstöra den. Du smart manövrering på ditt skepp kommer att skjuta på det från ditt vapen och förstöra sporer.
