För den modiga och skickliga ninjan är några av de svåraste hindren bara en möjlighet att bli ännu starkare och mer skicklig. Men i Flip Ninja befann sig hjälten i en mystisk labyrint, där det skulle ta mer än styrkan och förmågan att fullständigt kontrollera sin kropp. Det finns viktigare logik och uppfinningsrikedom, och du kan dela dina färdigheter med hjälten. Kombinationen av dina förmågor och karaktär blir nyckeln till framgång när du fyller på nivåuppgifter. Du måste gå igenom labyrinten och samla röda märken. Ninja övervinner vägen med hjälp av somersaults. Men samtidigt ser han inte slutet på vägen och bara ett hinder kan stoppa honom.