I gammalt Japan fanns ett konstant krig mellan två kaster av krigare - samurai och ninja. Du i spelet Ninja Runner kommer att kämpa på sidan av Order of Ninjas. Din karaktär mottog en order från orderchefen för att utföra rekognoscering i en skog, där samurai-avlägsenheter kan gömma sig. Din hjälte kastade modigt in i skogen och sprang längs vägen. Många faror och fällor väntar på honom på väg. Du styr din karaktär måste få honom att hoppa och inte falla i dessa fällor. Om du kommer över fiendens soldater måste du förstöra dem alla med hjälp av ett svärd. Samla bara in de olika föremålen som hamnar i hans väg.
