Ett specialtåg som går från Antarktis till djungeln kan upphöra att existera, och anledningen beror på försämringen av järnvägsspåren. Djuren, rädda för att förlora den enda transporten som tillåter dem att resa, vände sig till Diego för att få hjälp på Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue. Pojken är redo att hjälpa och involverar dig i genomförandet av hans plan. Det handlar om att reparera vägen, men först måste du sätta alla djuren i vagnarna. Passagerare går med på att endast resa i sällskap med sitt eget slag, så det finns en separat vagn för pingviner, rådjur, björnar och så vidare. När alla djuren har placerats kommer tåget att börja sin resa och innan varje stopp måste du samla vägen som ett pussel genom att vända enskilda sektioner i Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue.
