Forskare över hela världen, var och en inom sitt område, arbetar outtröttligt för att göra någon stor upptäckt. Men bara ett fåtal lyckas de flesta studier förblir oavslutade. Deras finansiering är stängd på grund av bristande framtidsutsikter eller misslyckanden i experiment. Hjältinnorna i spelet Library Mysteries är studenter vid ett av de berömda universiteten. Amelia, Candice och Ava brinner för vetenskap och vill bli kända. De fick veta att en av professorerna vid deras institution var engagerad i seriös vetenskaplig utveckling, men projektet stängdes och professorn försvann. Flickor skulle vilja hitta hans verk på universitetsbiblioteket och studera dem. Hjälp tjejerna i Library Mysteries.
