Den unga och självsäkra ninjan gick på en resa för att få livserfarenhet, efter råd från en klok lärare. Han hade redan gått många mil, sett mycket och ofta hamnat i olika situationer där han var tvungen att använda sina färdigheter och förmågor som han tillägnade sig när han studerade i klostret. Men i Cute Shinobi Escape hamnar han i en situation som han inte kan ta sig ur på egen hand, han kommer att behöva din hjälp. Hjälten gick helt enkelt vilse, inte i skogen, utan i en gammal byggnad. Din uppgift i Cute Shinobi Escape är att hitta hjälten och leda honom bortom de gamla byggnaderna och sedan ut ur skogen.