I gamla tider hade människor inte en enda gud, de trodde på olika gudar, som var och en var ansvarig för sin egen riktning. Händelserna i Pyramid Puzzle-spelet äger rum i det antika Egypten under den legendariska drottningen Kleopatras tid. Hon vill ta reda på hur den nyligen avlidne faraon hade speciella förmågor och om den store guden Ra var inblandad i detta. Drottningen skickar sin trogna hembiträde Hanna för att upptäcka faraos hemligheter, men för att göra detta måste hon tränga in i pyramiden och till och med besöka hemliga rum, vars ingång är stängd för utomstående. Hjälp flickan att slutföra uppgiften. Drottningen väntar på resultaten och kommer att vara missnöjd om de inte är med i pyramidpusslet.
