De besättningar av kor du har till ditt förfogande i Paint Cow är inte lätta. Korna har olika färg i dem, men de gillar det inte. Därför måste du på varje nivå se till att alla kor är likadana. För att göra detta, klicka på de markerade brickorna med kohuvuden och ändra gradvis de återstående djuren till en annan färg tills du uppnår att alla huvuden har samma färg. Antalet steg för att slutföra en uppgift är begränsat. Spelet har femton typer av fält med olika storlekar och var och en har upp till sextio nivåer i Paint Cow.
