I Ben 10: Brains vs Bugs måste du hjälpa en rolig grön utomjording att befria hans kidnappade vänner. Framför dig kommer din karaktär att synas på skärmen, som kommer att finnas på en viss plats. Med hjälp av kontrollknapparna kommer du att styra hans handlingar. Din hjälte måste gå längs en viss rutt och övervinna olika fällor och andra faror. På vägen kommer han att samla guldmynt och andra användbara föremål som ger dig poäng i spelet Ben 10: Brains vs Bugs och kan ge karaktären olika typer av bonusar. Din karaktär måste också bekämpa de buggar som kommer att stöta på på hans väg.
