En modig ninjakrigare gick in i en gammal fängelsehåla. Vår hjälte måste utforska det och samla alla magiska gyllene mynt. Du i spelet Ninja Auto Run kommer att hjälpa honom i detta äventyr. Innan du på skärmen kommer du att se ett av rummen i fängelsehålan. Din hjälte kommer att springa på den i en viss hastighet. På hans väg kommer spikar som sticker upp ur marken, hinder i olika höjder och andra fällor att dyka upp. När din hjälte springer mot dessa faror, måste du få dem att hoppa. På så sätt kommer din ninja att flyga igenom alla dessa faror. På vägen hjälper du karaktären att samla guldmynt som du får poäng för i Ninja Auto Run-spelet.