Vår spänstiga rörmokare vid namn Mario har transporterats genom en portal till den mystiska ön Yoshi's Island. Nu måste vår hjälte hitta hem. Mario kommer att synas på skärmen framför dig, som under ditt ledarskap kommer att gå framåt genom platsen. Längs vägen kommer han att samla guldmynt och andra föremål som är utspridda. På vägen kommer misslyckanden i marken, hinder och andra faror att vänta honom. Några av dem kommer din hjälte att kunna kringgå, genom andra faror kan han helt enkelt hoppa över. I slutet av varje nivå på Yoshi's Island kommer en portal som leder till nästa nivå att vänta på dig.