En kille som heter Tom arbetar i ett kemilabb. Idag kommer vår hjälte att studera strukturen av molekyler och genomföra olika experiment. Du i det nya onlinespelet IDLE Molecules deltar i dessa experiment. Framför dig på skärmen kommer du att se spelplanen där du kommer att se molekylerna. De kommer att vara sammankopplade. Kontrollpaneler kommer att vara synliga från olika sidor. Vid signalen från timern börjar du utföra experiment. För att göra detta, klicka mycket snabbt på olika molekyler med musen. Varje klick ger dig ett visst antal poäng. På dem kan du köpa olika utrustning och instrument för vidare forskning.