En kille som hette Tom ärvde en liten fabrik som var på tillbakagång. Vår hjälte bestämde sig för att börja utveckla den. I Mega Factory-spelet kommer du att hjälpa honom med detta. Din karaktär kommer att synas på skärmen framför dig, som kommer att finnas i en av fabrikens lokaler. Det första du måste göra är att gå igenom det och titta på allt noggrant. Du kommer att behöva samla guldmynt som är utspridda på golvet i rummet. Sedan kommer du att sätta fabriksutrustningen i drift. Hon kommer att börja producera produkter som du måste paketera. Du kommer sedan att lasta produkten på en lastbil som ska leverera den till kunderna. För detta får du pengar. Du kan spendera dem på att köpa ny utrustning till fabriken, råvaror för arbetet och anställa anställda. Så gradvis i spelet Mega Factory kommer du att organisera fabrikens arbete.