När han reser genom galaxen möter en forskare vid namn Tom ständigt olika antika artefakter. För att din hjälte ska komma till dem måste han lösa olika pussel. Du i spelet Puzzle Galaxies kommer att hjälpa honom med detta. Framför dig på skärmen ser du en design som består av kuber. Var och en av dem kommer att delas in i lika många kvadratiska zoner. I varje zon kommer du att se en boll av en viss färg. Med hjälp av kontrolltangenterna kommer du att rotera kuberna runt sin axel i rymden. Din uppgift är att ställa in dessa objekt så att alla bollar är ordnade i en viss sekvens. Så fort du gör detta kommer du att få ett visst antal poäng i Puzzle Galaxies-spelet och du går vidare till nästa nivå i spelet.