I den tredje delen av spelet Sonic Advance 3 kommer du att fortsätta hjälpa den modige Sonic och hans vänner att slåss mot den galna Dr. Evil. Galningen vill bygga en hel stad där han ska odla monster. För att göra detta kommer han att behöva stenarna av kaos. Sonic måste hitta dem först. Innan du på skärmen kommer att vara synlig för din karaktär och hans följeslagare. Med kontrolltangenterna styr du båda hjältarnas handlingar samtidigt. Du måste få dem att flytta runt på platsen och noggrant undersöka allt. Leta efter stenar och föremål utspridda överallt och samla dem. På din väg kommer du att stöta på hinder och fällor som dina hjältar måste hoppa över. Om de möter monster, kommer karaktärerna att kunna kringgå dem eller förstöra dem genom att gå med i striden. För att döda motståndare får du poäng i Sonic Advance 3.
