En söt och glad ponny är i trubbel. Han föll från hög höjd och skadades. Du är i ett nytt spännande spel My Cute Pony Doctor måste hjälpa ponnyn och bota honom. Framför dig på skärmen ser du rummet där ponnyn kommer att vara. Längst ner på skärmen ser du en kontrollpanel med olika objekt. Du kommer att behöva dem för att läka ponnyn. Det finns hjälp i spelet. Du i form av tips kommer att ange sekvensen av dina handlingar. Efter dem kommer du att ta föremål från panelen och utföra olika åtgärder som syftar till att hela djuret. När du är klar kommer ponnyn vara helt frisk och kunna gå ute igen.