I en avlägsen underbar värld lever intelligenta frukter. Precis som du och jag älskar de sport och arrangerar ofta olika slags tävlingar. Din karaktär Vattenmelon, som kommer att delta i löptävlingar. Du i spelet Watermelon Run 3d hjälper honom att vinna dem. Innan du på skärmen kommer du att se din karaktär, som gradvis kommer att ta fart för att springa på löpbandet. Med kontrollknapparna måste du få din vattenmelon att springa runt olika hinder som ligger i dess väg. Din hjälte måste också hoppa över hål i marken och andra farliga områden på sin väg. Olika typer av frukter kommer att spridas på vägen, som du måste hjälpa vattenmelon att samla och få poäng för det.