I den andra delen av Funny Throat Surgery 2 kommer du att fortsätta arbeta som tandläkare på ett sjukhus. Patienter med tandsjukdomar kommer till ditt möte. Först och främst måste du noggrant undersöka munhålan och diagnostisera patienten. Därefter visas en kontrollpanel där olika medicinska instrument och läkemedel kommer att synas. Genom att konsekvent tillämpa dessa föremål kommer du att utföra en uppsättning åtgärder som syftar till att behandla patienten. När du är klar kommer han att vara helt frisk och du kommer att börja behandla andra patienter.