En ung häxa vid namn Elsa måste besöka flera platser idag och förstöra de förbannade bubblorna. Du i spelet Bubble Witch Saga hjälper henne i detta. Framför dig på skärmen ser du ett spelplan där bubblor kommer att synas. De kommer alla att ha olika färger. En kanon kommer att ligga längst ner på spelplanen. Hon kan skjuta enstaka laddningar av samma färg. Du måste noggrant undersöka allt och hitta ett bubbelkluster exakt samma färg som din projektil. Du måste sikta ett skott. Efter att ha samlat på sig dessa saker kommer din kärna att förstöra dem. För detta får du poäng. Genom att utföra dessa åtgärder kommer du att rensa spelplanen från dessa objekt.