En modig samurai med namnet Kyoto bor i pixelvärlden. Idag måste vår hjälte resa till avlägsna områden i sitt land och bekämpa olika brottslingar där. Du i spelet Pixel Samurai hjälper honom i detta. Din samurai kommer att synas på skärmen framför dig, som ligger i ett visst område. Med kontrollknapparna får du honom att springa framåt. Titta noga på skärmen. På vägen för din hjälte kommer olika hinder och hål i marken att dyka upp. När din karaktär är på ett visst avstånd från detta farliga område måste du få honom att hoppa. Således kommer din hjälte att flyga genom luften genom denna fara och kunna fortsätta på sin väg.
