En varelse som heter Pixelmon bor i Minecraft-världen. På något sätt åkte vår hjälte till de mest avlägsna regionerna i landet för att bosätta sig här och bygga en liten stad. Du i spelet Pixelmon Craft hjälper honom i detta. Framför dig på skärmen ser du din karaktär, som befinner sig på en viss plats. På sidan av det kommer en liten karta att synas med ikoner som anger placeringen av olika resurser. Din hjälte måste besöka alla dessa platser och få dessa resurser. Sedan, med hjälp av en speciell kontrollpanel, kommer du att börja bygga olika byggnader för vår hjältes behov. Du kan också skapa nya verktyg och vapen.