Den berömda legosoldaten, smeknamnet Storm, anställdes av den amerikanska regeringen för att utföra ett hemligt uppdrag. Vår hjälte måste bryta igenom floden till fiendens militärbas och förstöra flera högt rankade befälhavare där. Du i spelet Commando Boat hjälper hjälten att utföra denna uppgift. Framför dig på skärmen ser du en flod längs vilken din karaktär kommer rusa på sin båt och gradvis få fart. På vägen för dess rörelse kommer olika slags hinder att uppstå. Med kontrollknapparna tvingar du båten att göra manövrer på vattnet och därmed undvika kollisioner med dessa hinder. Floden patrulleras av fiendens fartyg och båtar. Du närmar dig dem måste öppna eld för att döda. Genom att skjuta korrekt kommer du att förstöra fiendens fartyg och få poäng för det. Försök också att samla guldmynt och andra föremål som flyter i vattnet. De ger dig poäng och kan tilldela dig olika användbara bonusar.
