Ett främmande fartyg har landat nära gården där Shawn fåren bor. Sean kunde få vänner med dem, och nu bestämde de sig för att ordna en gemensam löptävling. I spelet Shaun the Sheep Alien Athletics hjälper du Shaun the Sheep att besegra dem. Framför dig på skärmen ser du vägen längs vilken Sean kommer att gå gradvis och får fart. Du måste titta noga på skärmen. På vägen väntar vår hjälte på olika barriärhöjder. När din hjälte kommer fram till detta hinder måste du klicka på skärmen med musen. Då hoppar Sean och flyger genom luften över hindret. Ibland på vägen kommer det att finnas olika användbara föremål som ditt lamm måste samla in.