En liten grupp av orättvist dömda fångar beslutade att ordna ett jailbreak. I spelet Prison Break 3D hjälper du dem att få gratis. Framför dig på skärmen ser du din grupp stå i fängelsets korridor. De kunde öppna låset och komma ut ur cellen. Nu måste du vägleda dem längs en specifik rutt. Du kan styra deras handlingar med kontrollknapparna eller musen. Celler installeras i fängelsens lokaler, liksom vakter. Du måste överväga detta. Din rutt måste ligga utanför kamerornas övervakningsområde. Du bör inte heller fångas av vakterna. Om detta händer kommer ett alarm att röra sig i fängelset och dina fångar kommer att fångas.