Den glada och modiga rörmokaren Super Mario beslutade idag att hjälpa kungen och rädda prinsessan som kidnappades av den mörka trollkarlen. Du i Super Mario Advance måste hjälpa honom med detta. Din karaktär kommer att synas på skärmen framför dig, som kommer att vara på en viss plats. Med kontrollknapparna får du honom att springa framåt och samla olika föremål och guldmynt utspridda överallt. På din väg kommer du att stöta på hål i marken och olika typer av fällor som Mario, under din vägledning, måste hoppa över. Du kommer också att stöta på olika monster. Din hjälte kan döda dem om han hoppar på deras huvuden. För att döda varje monster får du poäng.