På en av de avlägsna planeterna upptäckte forskarna ingången till den antika labyrinten. I Shy Eye Labyrinth: The Incredible Mystery måste du infiltrera och utforska. Labyrinten i sig består av flera nivåer. Du börjar din resa från allra första början. För att komma till andra våningen i labyrinten måste du hitta en nyckel som kommer att döljas någonstans i fängelsehålan. Du måste gå igenom fängelsehålan och noggrant undersöka allt. På din väg kommer du att stöta på olika typer av fällor som du måste kringgå. Om du hamnar i fällan kommer du att förgås och misslyckas med ditt uppdrag.