Att ordna Armageddon på slagfältet för din fiende kan vara enkelt och enkelt, och till och med utan att delta direkt i striden, utan att skjuta eller använda stridsformler. I Puzzle Quest Armageddon hjälper du din armé på spelplanen. Resultatet av striden beror på dina handlingar. Till höger finns ett fält där två arméer kommer att konvergera, och till höger kommer en uppsättning olika ikoner att dyka upp, var och en betyder vissa handlingar: explosioner, användningen av speciella magiska metoder för hot eller förstörelse, införandet av nya stridsenheter i strid: krigare med olika färdigheter och till och med robotar. För att göra detta måste du snabbt hitta och skapa kombinationer av tre eller flera identiska element. Klicka på fältet mellan elementen som du vill byta, de ska blinka och först då kan de byta plats.