I en avlägsen framtid utvecklade forskare ett speciellt miniatyrfartyg med vilket det var möjligt att förstöra olika slags virus. Du i spelet Virus Hunter kommer att kontrollera det. Innan du på skärmen ser du människokroppen inuti denna enhet. Han flyger framåt gradvis och snabbare. På vägen kommer olika bakterier att uppstå. Du måste skjuta exakt från specialverktyg för att falla in i dessa bakterier och därmed förstöra dem.
