Brave Ninja Kyoto fick uppdrag från huvudet av sin order och du i spelet Super Ninja Hero måste hjälpa honom att slutföra det. Din hjälte måste komma in i en aristokrats slott genom fängelsehålan och stjäla viktiga dokument därifrån. Allt fängelsehålan kommer att vara en kontinuerlig hinderkurs. Du styr ditt hjälte väl måste övervinna dem alla. Dessutom kommer din hjälte att kämpa med olika monster och soldater av skydd, som är i denna labyrint. På vägen måste du samla olika föremål och vapen spridda överallt.