I Secret Lagoons historia kommer du att träffa Paul. Han är en tredje generationens seglare och reser ofta på sin lilla båt under segel. Hjälten älskar att utforska nya platser, på långa resor. Den här gången var han fantastiskt lycklig, han hittade en lagun, som inte är markerad på någon karta. Det verkade konstigt, för det fanns nästan inga vita fläckar, hela ön märktes och undersöktes, och av någon anledning saknade de denna lagun. Kaptenen kommer att förankra och undersöka platsen i detalj. Han vill ta reda på de funna föremålen som var här före honom och varför det är nu övergiven.
