I det gamla Japan fanns en order av ninja krigare som kämpade mot olika fiender av staten och monster. Idag är vi i spelet Ninja Defender vi ska hjälpa ett krig att komma in i templet och uppfylla uppgiften för hans orderchef. Vår hjälte som reser genom templet tränger in i hans hallar. Han kommer att bli attackerad av olika monster. Vår karaktär kommer att använda vapen mycket som en boomerang. Flickar den in i fienden, vi slår honom, och då kommer objektet att flyga tillbaka. Vi måste flytta karaktären så att han avstod och därigenom slog kastet igen. Om vi inte har tid att göra det, kommer vi att förlora vapnet och förlora rundan.