I modern Japan fortfarande existerar i hemlighet Order of the mystiska ninja krigare. Några av dessa soldater ta ännu order för dödandet av brottslingar som innehar höga positioner i regeringen. Idag i Gun Ninja spel vi ska spela för en sådan legosoldat. Han fick order för mord, och nu han behöver för att komma in i den skyddade gården. Skickligt passerar dess korridorer, hoppa över luckor i golvet och undvika fallgroparna, kommer vi att gå framåt. Vi har naturligtvis soldaterna kommer att attackera skydd, men vi använder skjutvapen kommer att döda dem alla. Det viktigaste att inte låta dem komma nära dig, eftersom de då kan ni skada dina svärd och din karaktär kommer att dödas. Men du kan längs vägen för att samla första hjälpen-kit som skulle göra upp sin levnadsstandard.