En våldsam kosmisk storm svepte genom vårt solsystem. Planeterna var utspridda som bollar på platsen, och Pluto kastades ut ur systemet och bäras i okänd riktning. Den stackars mannen vaknade på en okänd plats långt ifrån sin inhemska sol. Han vill inte suga för att leta efter en annan stjärna, han avser att återvända hem. Hjälpa planeten i Pluto's Revenge, returen kommer inte vara så fort, för på vägen kommer det att finnas lite onda planeter som försöker stoppa Pluto och till och med spränga den. Men vår hjälte kan också skjuta trupper av energi, och när bara en våt plats kvarstår från fienden, ta trofényckeln.
