Efter att fienderna brände ninjens inbyggda by, stannade han inte hemma och han gick på jakt efter skurkarna som hade begått grymma brott. Hjälten måste gå en kort väg genom monsters ödemark i Project Retro Ninja, för att komma till banditerna och hämnas på dem. Sannolikheten att träffas med monster är väldigt hög, så hjälten måste hålla färdiga stålhjul med skarpa strålar. I så fall kommer de att stoppa monster och alla som vågar krossa ninjans liv. Hjälp karaktären att snabbt reagera på fara och övervinna alla hinder. Samla hjärtat för att kompensera förlorade liv och bonusar.