Kaninen Peter åker idag på en resa till platser nära sitt hem. Vår hjälte vill samla så många morötter som möjligt för att lagra dem inför vintern. Du i spelet Doki Doki Ninjin kommer att hjälpa honom med detta. En kanin kommer att synas på skärmen framför dig, som kommer att finnas på en viss plats. Med hjälp av kontrollknapparna styr du dess handlingar. Din hjälte måste springa framåt längs vägen och övervinna olika hinder och fällor. Så fort du märker en morot som ligger på vägen, plocka upp den. För att plocka morötter i spelet Doki Doki Ninjin kommer du att få poäng, och kaninen kan få olika användbara bonusar.