Bikini Botom invånare i fullständigt förtvivlan, deras favoritkafé, en plats för sammankomster och en källa av läckra krabborburgare försvann. Den onda planktonen uppfyllde äntligen sitt långvariga hot och tog restaurangen. Han samlade en stor robot och han flyttade hela byggnaden till en hemlig plats. Sponge Bob kommer inte att dra sig tillbaka, alla lagunens invånare räknar med hjälten, och han hoppas på dig i spelet Spongebob Run. Hjälpa karaktärsförhoppningen till skurken, vänner hjälper honom att ändra utseendet, så att det är lättare att klara de många små robotar som scurry och försöker förhindra. Samla runt skal för att passera nivån.