På New York kollapsade verkligt hot i form av en kraftfull dokumentförstörare. Han kommer att försöka ta staden i några minuter, men du måste stoppa honom tillsammans med Mutant Ninja Turtles. Dessa modiga killar är redo för eventuella svårigheter att rädda sin hemstad från galenskap. Var och en av karaktärerna kommer att ha sin egen mission och syfte, någon har att förbereda en dryck att förstöra muterade någon att skjuta ner missiler, och någon att besegra fienden i närstrid. Alla sköldpaddor blir det bara tre försök, om du förlorar, skulle staden falla.